Orijinal köprü Mimar Sinan'ın öğrencisi Mimar Hayrettin tarafından 1566 yılında inşa edildi ve 9 Kasım 1993'te Boşnak-Hırvat Savaşı sırasında Hırvat güçleri tarafından yıkılıncaya dek 427 yıl kullanıldı. Mimar Hayreddin, köprü için 456 kalıp taş kullanmıştı. Köprü, çevresindeki kente adını da verdi. Mostar, Hersek bölgesinin ana kenti oldu. Köprüyü yeniden inşa etmek için bir proje hazırlandı ve 23 Temmuz 2004'te yeni köprü hizmete girdi. Köprü, 2005'te UNESCO tarafından Dünya Mirası ilan edildi.
